Die Ursache für die außergewöhnliche EHEC-Epidemie ist aufgeklärt. Aus Ägypten importierte Bockshornkleesamen, die mit dem Erreger EHEC O104:H4 kontaminiert waren, sind mit hoher Wahrscheinlichkeit Schuld an dem größten HUS/EHEC-Ausbruch, der je in Deutschland registriert wurde. Das teilten BfR, BVL und RKI am 5. Juli 2011 in einer gemeinsamen Pressemitteilung mit. Ein niedersächsischer Gartenbaubetrieb hatte aus der ägyptischen Saat Sprossen hergestellt, deren Verzehr zu den Erkrankungen geführt hat. Teilweise sind auch von Menschen übertragene Sekundärinfektionen aufgetreten.Bislang gibt es keine konkreten Hinweise darauf, dass auch andere Samenarten und -chargen durch unhygienische Produktionsbedingungen im Herkunftsland oder durch Kreuzkontaminationen bei Zwischenhändlern und Empfängern (z.B. bei Reinigungs-, Misch-, Abfüllprozessen) mit dem Ausbruchstamm kontaminiert wurden. Dennoch ist dies nicht unwahrscheinlich. Die Europäische Kommission hat die Einfuhr bestimmter Sprossensamen aus Ägypten nach Europa gestoppt. Die amtlichen Institute empfehlen der Gastronomie, die Abgabe von rohen Sprossen und Keimlingen an die Gäste sorgfältig abzuwägen. Es könnten sich noch kontaminierte Samenchargen im Verkehr befinden. Aus dem gleichen Grund wird vom Verzehr roher Sprossen und Keimlinge abgeraten. Im Privathaushalt vorhandene Sprossensamen sollten mit dem Hausmüll entsorgt werden.
Verschiedene epidemiologische Kennzahlen deuten darauf hin, dass sich der Ausbruch jetzt dem Ende zuneigt. Die in Deutschland gemeldeten Neuinfektionen mit dem besonders aggressiven EHEC-Erreger sind rückläufig. Allerdings ist auch in Zukunft mit weiteren Erkrankungen beim Menschen bzw. Ausbrüchen durch den Erreger EHEC O104:H4 zu rechnen. Diese Infektionen können durch Mensch-zu-Mensch-Übertragung (Schmierinfektion) oder auch durch Lebensmittel erfolgen, die von erkrankten Menschen verunreinigt wurden. Erkrankte Menschen können auch nach ihrer Genesung über eine bestimmte Zeit Krankheitserreger ausscheiden. Eine Erregerausscheidung ist auch durch infizierte Personen möglich, die selbst nicht erkranken. Es gilt weiterhin, die persönlichen Hygienemaßnahmen zu beachten und bei der Zubereitung von Lebensmitteln die allgemeinen Hygieneregeln konsequent einzuhalten.
Laut RKI infizierten sich seit Mitte Mai mehr als 4.000 Menschen mit dem gefährlichen Darmkeim. 851 davon erkrankten an der schweren Komplikation hämolytisch-urämisches Syndrom (HUS). 49 Menschen starben (Stand 5. Juli 2011).